隨著時代變遷，紀念堂自2003年起展開一連串蛻變、轉型歷程，活動主題與內涵愈加貼近民眾的育樂生活。2003年1月本處收回原借予國立臺灣藝術教育館使用之中正藝廊，開始舉辦各式展覽活動，尤其2003年11月首度引進「羅浮宮埃及文物珍藏展」，吸引近40萬民眾進場觀展，開啟紀念堂接觸國際大展之重要里程碑。為拓展藝文及社教空間，2006年4月起進行堂內局部空間整建工程，包括演講廳、展廳擴建、2樓行政區局部整建、3樓展廳及學習教室之增建，直至2008年9月23日竣工，隨之藝文活動如雨後春筍般的出現，時有創舉。2007年紀念堂歷經組織改制、換匾，由文建會公告指定為國定古蹟，2008年8月自「國立臺灣民主紀念館」回復成「國立中正紀念堂管理處」之組織編制，2009年7月中正紀念堂牌匾重新掛回。 2009年起每年循例辦理蔣中正總統學術研究，並與國史館、中央研究院、中正文教基金會等交流合作。2010年本處與杜魯門總統圖書館簽署兩館展覽合作備忘錄，開啟館際教育、科學及文化之國際交流；同年本處創設文化商品部（今中正紀念堂博物館商店），逐步運用紀念堂及兩蔣元素開發商品，正式跨足文化創意產業，而後導入品牌形象設計專案。2011年開始實施國立社教機構作業基金制度，活絡處務資金之運作。配合行政院組織改造政策，本處自2012年5月20日改隸文化部，延續社會教育理念，並依照文化部政策，加強蔣中正總統學術思想研究，維護古蹟並打造文創品牌形象，提升民眾生活美學素養，進而建立創意精緻藝文交流平臺，營造世界級的觀光休憩環境。
一、推動大型特展，與民間建立合作機制
	2003年11月本處與民生報合辦具教育、娛樂意義之大型特展「羅浮宮埃及文物珍藏展」，展出172組、609件文物，創下國內特展史上最高的展品數，本處藝文活動與國際接軌，提供民眾親近國際經典文物的機會，特展帶來古典、神秘的藝文氣息，及參觀人潮形成的口碑效應，強化紀念堂的藝文形象。2008年7月再度引進具教育、娛樂意義之大型展覽「長毛象特展」，中央通廊人山人海、熱鬧非凡，而後每年均推出國際特展，其中2011年6月「木乃伊傳奇－埃及古文明」特展逾60萬人次參觀，創下本處特展舉辦迄今最多參觀人次。為與民眾分享每場展覽帶來的感動體驗，本處2004年12月首次發行展覽年鑑，爾後每年定期出版。
二、建構全民學習環境，提升生活美學素養
	本處最早針對成人規劃的學習課程可溯自1993年開辦的技藝研習班， 1999年更名「終身教育活動」，開始收受報名費，2012年更名為「生活美學研習班」，持續以健康養生、東方書畫、西方繪畫、喜閱書房、美麗人生、嗜說新語、古藝薪傳等七大系列，以及美學品味坊，開設文化藝術相關課程，班數、學員數成長幅度逐年增加，學員人次更增至萬人以上，成績斐然，已成為本處作業基金之重要收入來源。對於青少年及學童則提供創藝學園課程、中正兒童冬夏令營及校外教學活動，使美學及環境教育得以從小扎根。
三、定目劇首次登台，形塑文化觀光品牌
	為使觀光客參觀紀念堂之餘也能聆賞表演藝術節目，本處於2011年3月將定目劇列為重要政策，同年10月至12月以「臺灣經典戲曲藝術節」為名推出首次定目劇，委由當代傳奇劇場以傳奇風雅為主軸，推出《安天會》、《龍鳳閣》系列和《三岔口》、《兄妹串戲》等劇目計18場售票活動，吸引約6,000人進場觀戲。2012年當代傳奇劇場在文化部文化觀光定目劇經費的補助下，本處協辦，以「傳奇風雅2」為名推出《武聖關公》、《新鬧龍宮》、《包青天》等8齣劇碼，66場演出活動。為鼓勵民間優質劇團演出定目劇，本處於2012年5月公告演出計畫，2013年由舞鈴劇場、當代傳奇劇場帶來特色劇目。配合定目劇演出之需，本處分於2011年8月及2012年6月進行演講廳（今中正演藝廳）共二期改善工程，以建立專業、安全的劇場環境。
四、多元運用園區資源，發揮寓教於樂功能
	為有效運用園區資源，使其兼具休憩及教育機能，本處自2004年起結合學術及社會資源，陸續建置定向運動教學園區、生態教學園區、雨水貯集教學園區、數學步道、蕨類植物園區、環境教育植物生態步道、樂活花園等，並編製各式摺頁、手冊，成為校外教學、親子活動及民眾休閒的最佳場所。此外，日本「中央大學學員日華友好會」於2005年2月首次贈送本處300株櫻花，本處特置「友好之櫻」石碑；2011年洽請行政院農委會農業試驗所贈送梅樹32株，讓民眾無須千里迢迢到陽明山，可就近到中正紀念公園賞櫻觀梅。為有效掌握樹木資源，本處於2011年完成全園區喬木普查，建置樹籍資料庫，有助於各項查考與應用。
五、建立委託研究模式，加強蔣中正學術研究
	本處為加強蔣中正總統相關議題研究，2009年2月召開諮詢會議，決定以「蔣中正史料研究與應用」為題委託專家學者辦理研究案，同年11月底完成「蔣中正日記之研究」、「國內蔣中正典藏資料研析」、「海外蔣中正典藏資料研析」等3件研究案，開啟委外研究之先河。2010年至2012年委託中央研究院近代史所辦理「遷臺初期的蔣中正（1949-1952）」、「蔣中正總統與中華民國發展：1950年代的臺灣I、II」等研究案，2010年10月30日首次舉辦蔣中正學術研討會，透過公正、客觀的學術交流，系統性建立蔣中正總統研究脈絡；2011年11月將研究成果以「遷臺初期的蔣中正」為名採叢書形式出版，往後委外研究成果循例辦理。 2011年12月委外完成「蔣中正31名侍從人員口述歷史」計畫案，並規劃辦理「那些年，我們隨侍先生的日子－蔣中正總統侍從人員口述史料特展」，重現睽違已久以蔣中正總統為主題的展覽。再者，為鼓勵研究者投入中華民國近現代史研究，2011年起開始受理申請獎助蔣中正研究博碩士論文及專書出版計畫；2012年12月本處與國史館簽署合作協議，以蔣中正相關研究及史料資源的充實為主軸，建置學術研究平台；同時與中正文教基金會洽談品牌合作及文創商品開發事宜，期能開拓不同面向之研究能量，打造紀念堂成為蔣中正總統學術研究重鎮。
六、創立文化商品部，導入品牌形象專案
	為建立優質的文化消費場所，推動文創產業發展，本處文化商品部於2010年7月隆重開幕（2013年更名為中正紀念堂博物館商店），成為國內第一家由中央機關自營之文創商品店。2011年完成本處CIS識別系統，並運用館藏資源與建築特色推動文創商品合作開發案，例如：與華錦光電合作以中正紀念堂之堂體建築與蔣公銅像為元素，開發具雷射煥彩效果之「中正紀念幣」；與阿麗美學合作以國旗與蔣公肖像為主題，開發迎合年輕族群喜好之紀念帽與紀念包款；與金門酒廠合作以紀念堂堂體、代表性景色為圖像元素，結合酒廠嚴選窖藏多年之金門高梁酒，開發建國百年中正紀念酒、中正紀念堂六景酒等。中正紀念酒於2012年參加臺灣觀光特產協會主辦之「第三屆臺灣百大觀光特產甄選活動」，入選為百大觀光特產，紀念堂獲得「Taiwan Best 100」品牌殊榮。 配合文創產業發展趨勢，本處為建立品牌授權合作及國際文創交流，於2012年6月開始籌劃品牌形象設計規劃案，成立品牌形象開發與管理諮詢會，同年7月至12月委外研定品牌資產管理策略與授權範本，建立本處品牌識別系統，將透過商標申請、授權機制及相關行銷活動，創造屬於中正紀念堂品牌故事。
七、加強古蹟管理維護，活絡文化資產價值
	中正紀念堂開放迄今，堂體建物歷經歲月的洗禮，期間曾維修過寶頂、牌樓琉璃瓦、牌匾、堂內天花板及藻井等，逐漸衍生古蹟保存維護的問題。本處自2007年11月起由當時的文建會公告指定為國定古蹟「臺灣民主紀念園區」，包括中正紀念堂、正面牌樓、民主廣場及民主大道。為落實古蹟管理維護工作，保存並活用古蹟之文化歷史價值，2011年8月本處撰擬「國定古蹟臺灣民主紀念園區管理維護計畫」，復於2012年依據「古蹟理維護辦法」再予修訂，10月11日奉文化部核備；11月委外辦理「國定古蹟臺灣民主紀念園區調查研究」，以作為本處古蹟維護管理之藍圖及上位計畫。此外，公園景觀維護管理部分，2005年11月開始延聘園藝、景觀及文化資產保存維護領域之專家學者組成「景觀諮詢會」，提供景觀推動政策之專業指導。